Instalação MPI

O ultimo passo para configurar no cluster eh a instalação de uma API que permita a execução de aplicaçoes paralelas. No nosso caso instalaremos a bilioteca MPICH2, que pode ser obtida em http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich

Faça o download do código fonte (um arquivo .tar.gz) e descompacte em /share. Isto pode ser feito com os comandos abaixo, onde mpich2-1.0.7.tar.gz deve ser substituido pelo arquivo obtido no site acima, de acordo com a versão.
mkdir /share/mpi2
tar xvzf mpich2-1.0.7.tar.gz
cd mpich2-1.0.7
./configure --prefix=/share/mpich2
make
sudo make install


Apos compilar e instalar, eh preciso alterar o arquivo /share/mpi2/.bashrc e adicionar as linhas abaixo:
export PATH=/share/mpich2/bin:$PATH
export PATH
LD_LIBRARY_PATH="/share/mpich2/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
export LD_LIBRARY_PATH


Em seguida, executamos o comando abaixo para definir o caminho de instalação do MPICH no SSH.
sudo echo /share/mpich2/bin >> /etc/environment


Para testarmos a instalação, basta digitar
which mpd
which mpiexec
which mpirun

Configurando o MPD

Crie o arquivo mpd.hosts no diretório /share com os nomes dos nós a serem utilizados como nós de computação. Por exemplo, em um cluster com 4 nós cujos hostnames sejam respectivamente node0, node1,node2, node3:
node0
node1
node2
node3

Em seguida, execute :
echo secretword=blabla   >> ~/.mpd.conf
chmod 600 .mpd.conf

Para testar o MPD, execute os comandos abaixo. O resultado deve ser o nome da maquina na qual os comandos foram executados.
mpd &
mpdtrace
mpdallexit

Em seguida, basta executar o daemon do MPD.
mpdboot ­-np 4
mpdtrace

A saida deve ser o nome de todos os nós. Para testar o funcionamento do MPI podemos escolher um dos programas exemplo que se encontram no diretorio mpich2-1.xxx/examples.
Para executar digitar os comandos abaixo.
mpiexec -n 4 /share/mpich2-1.0.7/examples/cpi

Referências

https://help.ubuntu.com/community/MPICHCluster
http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/
http://debianclusters.cs.uni.edu/index.php/Installing_MPICH

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